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Molekulardynamik-Simulation

Index Molekulardynamik-Simulation

Moleküldynamik oder Molekulardynamik (MD) bezeichnet Computersimulationen in der molekularen Modellierung, bei denen Wechselwirkungen zwischen Atomen und Molekülen und deren sich daraus ergebende räumliche Bewegungen iterativ berechnet und dargestellt werden.

44 Beziehungen: Ab initio, Andersen-Thermostat, Aneesur Rahman, Atom, Bernie Alder, Beugung (Physik), Car-Parrinello-Methode, Computersimulation, Dichtefunktionaltheorie (Quantenphysik), Diskrete-Elemente-Methode, Ensemble (Physik), Equilibrierung, Gewöhnliche Differentialgleichung, Gleichverteilungssatz, Kennzahl, Klassische Mechanik, Komplexes System, Konformation, Kraftfeld (Computerphysik), Langevin-Gleichung, Loup Verlet, Mikrokanonisches Ensemble, Molekül, Molekulardynamik-Simulation, Molekulare Modellierung, Monte-Carlo-Simulation, Parameterdarstellung, Periodische Randbedingung, Potentielle Energie, Protein, Quantenmechanik, Röntgenbeugung, Rechenleistung, Silicate, Spektroskopie, Statistische Physik, Thermodynamisches Gleichgewicht, Thermodynamisches System, Torus, Virialsatz, Volumenform, Wasser, Wässrige Lösung, Zustandssumme.

Ab initio

Ab initio (lateinisch; abgekürzt: a. i.) bedeutet „von Anfang an“ und wird häufig im Bereich der Wissenschaften verwendet.

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Andersen-Thermostat

Das Andersen-Thermostat ist in der Molekulardynamik eine Methode, mit der ein klassisches Vielteilchensystem stochastisch an ein Wärmebad gekoppelt werden kann, dadurch sind Simulationen bei einer konstanten Temperatur (kanonisches Ensemble) möglich.

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Aneesur Rahman

Aneesur Rahman (* 24. August 1927 in Hyderabad; † 6. Juni 1987 in Minneapolis) war ein indischer Physiker.

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Atom

kugelsymmetrisch. kovalenten Radius Atome (von „unteilbar“) sind die Bausteine, aus denen alle festen, flüssigen und gasförmigen Stoffe bestehen.

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Bernie Alder

Bernie Alder Bernie Julian Alder (* 9. September 1925 in Duisburg; † 7. September 2020) war ein US-amerikanischer Physiker, der sich mit statistischer Mechanik beschäftigte und ein Pionier der numerischen Simulation in der Physik war.

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Beugung (Physik)

Wenn der Lochdurchmesser deutlich kleiner ist als die Wellenlänge, entstehen dahinter Kugelwellen. Die Beugung oder Diffraktion ist die Ablenkung von Wellen an einem Hindernis.

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Car-Parrinello-Methode

Car-Parrinello Molekulardynamik oder CPMD bezeichnet entweder die Molekulardynamik-Methode, auch als Car-Parrinello-Methode bekannt, oder das Softwarepaket, in dem die Methode implementiert wurde.

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Computersimulation

Physikalisch korrekte Simulation einer zähen Flüssigkeit Computersimulation der Wellen von Kielwasser Wellenanimation des Tsunamis in Asien Dezember 2004 Unter Computersimulation bzw.

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Dichtefunktionaltheorie (Quantenphysik)

Die Dichtefunktionaltheorie (DFT) ist ein Verfahren zur Bestimmung des quantenmechanischen Grundzustandes eines Vielelektronensystems, das auf der ortsabhängigen Elektronendichte beruht.

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Diskrete-Elemente-Methode

Der Begriff Diskrete-Elemente-Methode (engl. discrete element method, DEM) wird heutzutage für zwei numerische Berechnungsverfahren verwendet.

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Ensemble (Physik)

Ein Ensemble oder eine Gesamtheit ist in der statistischen Physik eine Menge gleichartig präparierter Systeme von Teilchen im thermodynamischen Gleichgewicht.

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Equilibrierung

Als Equilibrierung (oder Äquilibrierung) bezeichnet man den Vorgang, bei dem ein System in seinen Gleichgewichtszustand übergeht.

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Gewöhnliche Differentialgleichung

Eine gewöhnliche Differentialgleichung (oft abgekürzt mit GDGL oder ODE, englisch ordinary differential equation) ist eine Differentialgleichung, bei der zu einer gesuchten Funktion nur Ableitungen nach genau einer Variablen auftreten.

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Gleichverteilungssatz

Der Gleichverteilungssatz (auch Äquipartitionstheorem genannt) ist ein Satz aus der statistischen Physik, der einen Zusammenhang zwischen dem Mittelwert der Energie eines Systems im thermischen Gleichgewicht und seiner Temperatur herstellt.

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Kennzahl

Eine Kennzahl ist eine Zahl zur Quantifizierung eines naturwissenschaftlich-technischen, betrieblichen oder wirtschaftlichen Zusammenhangs.

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Klassische Mechanik

mathematische Pendel – ein typischer Anwendungsfall der klassischen Mechanik Die klassische Mechanik oder Newtonsche Mechanik ist das Teilgebiet der Physik, das die Bewegung von festen, flüssigen oder gasförmigen Körpern unter dem Einfluss von Kräften beschreibt.

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Komplexes System

Das Erdklima extrem vereinfacht: Eines der am besten untersuchten komplexen natürlichen Systeme Komplexe Systeme sind nach außen offene, hochgradig geordnete und organisierte, uneinheitlich aufgebaute (heterogene) Ganzheiten von funktionalen Strukturen (.

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Konformation

Sägebock- und Newman-Projektion gestaffelte Konformation in Sägebock- und Newman-Projektion Die Konformation beschreibt in der Chemie die räumliche Anordnung der Atome eines Moleküls bei gegebener Konstitution und Konfiguration.

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Kraftfeld (Computerphysik)

Ein Kraftfeld (englisch: force field) ist in der Computerphysik und verwandten Disziplinen, wie der Theoretischen Chemie, eine Parametrisierung der potentiellen Energie und kommt insbesondere bei der Beschreibung von Molekülen zum Einsatz.

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Langevin-Gleichung

Eine Langevin-Gleichung (nach Paul Langevin) ist eine stochastische Differentialgleichung, welche die Dynamik einer Teilmenge der Freiheitsgrade eines physikalischen Systems beschreibt.

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Loup Verlet

Loup Verlet (* 24. Mai 1931 in Paris; † 13. Juni 2019) war ein französischer Physiker, bekannt als Pionier der Computersimulationen von Flüssigkeiten auf molekularer Ebene (Molekulardynamik-Simulation).

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Mikrokanonisches Ensemble

Das mikrokanonische Ensemble beschreibt in der statistischen Physik ein System mit festgelegter Gesamtenergie im thermodynamischen Gleichgewicht.

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Molekül

Bindungen. Moleküle (älter auch: Molekel; von) sind „im weiten Sinn“ zwei- oder mehratomige Teilchen, die durch chemische Bindungen zusammengehalten werden und wenigstens so lange stabil sind, dass sie z. B.

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Molekulardynamik-Simulation

Moleküldynamik oder Molekulardynamik (MD) bezeichnet Computersimulationen in der molekularen Modellierung, bei denen Wechselwirkungen zwischen Atomen und Molekülen und deren sich daraus ergebende räumliche Bewegungen iterativ berechnet und dargestellt werden.

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Molekulare Modellierung

Dreidimensionale Darstellung eines Moleküls Unter molekularer Modellierung (amerikanisches Englisch: molecular modeling, britisches Englisch: molecular modelling) werden Techniken für computerunterstütztes Modellieren chemischer Moleküle zusammengefasst.

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Monte-Carlo-Simulation

Gesetzes der großen Zahlen sinkt mit steigender Anzahl von Experimenten die Varianz des Ergebnisses. Für mehr Details siehe unten. Monte-Carlo-Simulation (auch MC-Simulation oder Monte-Carlo-Studie) ist ein Verfahren aus der Stochastik bzw.

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Parameterdarstellung

rationalen Funktionen. Beide Darstellungen erfüllen die Kreisgleichung x^2+y^2.

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Periodische Randbedingung

Periodische Randbedingungen werden in analytischen oder numerischen Modellrechnungen gewählt, um eine gesonderte Behandlung von Rändern zu vermeiden oder das Gebiet, über das sich die Rechnung erstreckt, verkleinern zu können.

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Potentielle Energie

Wasserkraftwerke nutzen die potentielle Energie eines Stausees. Je größer die gespeicherte Wassermenge und je größer der Höhenunterschied der Staustufe, desto mehr elektrische Energie kann das Kraftwerk liefern. Die potenzielle Energie (auch potentielle Energie oder Lageenergie genannt) beschreibt die Energie eines Körpers in einem physikalischen System, die durch seine Lage in einem Kraftfeld oder durch seine aktuelle (mechanische) Konfigurationz. B.

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Protein

O2 anlagern kann. Ein Protein, umgangssprachlich Eiweiß (veraltet Eiweißstoff) genannt, ist ein biologisches Makromolekül, das aus Aminosäuren aufgebaut wird, die durch Peptidbindungen verknüpft sind.

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Quantenmechanik

Die Quantenmechanik sichtbar gemacht: Rastertunnelmikroskopaufnahme von Kobaltatomen auf einer Kupferoberfläche. Das Messverfahren nutzt Effekte, die erst durch die Quantenmechanik erklärt werden können. Auch die Interpretation der beobachteten Strukturen beruht auf Konzepten der Quantenmechanik. Die Quantenmechanik ist eine physikalische Theorie, mit der die Eigenschaften und Gesetzmäßigkeiten von Zuständen und Vorgängen der Materie beschrieben werden.

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Röntgenbeugung

Strukturbestimmung mit Röntgenbeugung Röntgenbeugung, auch Röntgendiffraktion (XRD) genannt, ist die Beugung von Röntgenstrahlung an geordneten Strukturen wie Kristallen oder Quasikristallen.

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Rechenleistung

Die Rechenleistung (auch Datenverarbeitungsleistung oder Performanz. englisch computing power oder performance genannt) ist ein Maß für Rechenmaschinen und Datenverarbeitungs- (kurz DV-Systeme) oder informationstechnische Systeme (kurz IT-Systeme).

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Silicate

Häufige natürliche Erscheinungsform der Silikate: Feldspat Feinpulvriges Silicat für Säulenchromatographie Silicate (standardsprachlich Silikate) sind die Salze und Ester der Ortho-Kieselsäure (Si(OH)4) und deren Kondensate.

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Spektroskopie

Spiritusflamme und ihr Spektrogramm Spektroskopie bezeichnet eine Gruppe physikalischer Methoden, die eine Strahlung nach einer bestimmten Eigenschaft wie Wellenlänge, Energie, Masse etc.

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Statistische Physik

Die statistische Physik ist ein Zweig der Physik, der Methoden der Wahrscheinlichkeitstheorie für die Beschreibung physikalischer Systeme verwendet.

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Thermodynamisches Gleichgewicht

Ein System ist im thermodynamischen Gleichgewicht, wenn es in einem stationären Zustand ist, in dem alle makroskopischen Flüsse von Materie und Energie innerhalb des Systems verschwinden.

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Thermodynamisches System

Ein thermodynamisches System ist ein räumlich abgrenzbares Objekt mit physikalischen Eigenschaften, die sich durch die Gesetze der Thermodynamik beschreiben lassen.

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Torus

Torus Die Menge der Punkte mit dem Abstand r von der Kreislinie mit Radius R bilden einen Rotationstorus Ein Torus (Plural Tori, von) ist ein mathematisches Objekt aus der Geometrie und der Topologie.

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Virialsatz

Der Virialsatz (‚Kraft‘) ist eine Beziehung zwischen den zeitlichen arithmetischen Mittelwerten der kinetischen Energie \overline und der potentiellen Energie \overline eines abgeschlossenen physikalischen Systems.

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Volumenform

Eine Volumenform ist ein mathematisches Objekt, welches zur Integration über Raumbereiche benötigt wird, insbesondere bei der Verwendung spezieller Koordinatensysteme, also ein Spezialfall eines Volumens.

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Wasser

--> | Standardbildungsenthalpie.

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Wässrige Lösung

Wassermoleküle, die sich um ein Natrium-Kation angeordnet haben Eine wässrige Lösung bezeichnet die Lösung eines beliebigen hydrophilen Stoffes, oft eines Salzes, in Wasser.

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Zustandssumme

Die Zustandssumme Z ist ein wesentliches Werkzeug der statistischen Physik.

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Leitet hier um:

Molecular Dynamics, Molekular-Dynamik, Molekular-Dynamik-Simulation, Molekular-Dynamik-Simulationen, Molekulardynamik, Moleküldynamik.

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