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GROMACS

Index GROMACS

GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) ist ein Softwarepaket für Simulationen und Auswertungen molekulardynamischer Prozesse (MD), das ursprünglich an der Universität Groningen entwickelt wurde.

Inhaltsverzeichnis

  1. 29 Beziehungen: AMD Athlon, AMD Duron, C (Programmiersprache), CHARMM, Folding@home, Fortran, GNU General Public License, GROMOS, Intel Pentium, Königliche Technische Hochschule, Kraftfeld (Computerphysik), Linux, MacOS, Max-Planck-Institut für Polymerforschung, Message Passing Interface, Microsoft Windows, Molekulardynamik-Simulation, NAMD, Programmpaket, Quadratwurzel, Reichsuniversität Groningen, Routine (Programmierung), Stanford University, Streaming SIMD Extensions, Universität Stockholm, Universität Uppsala, Virialgleichungen, Xmgrace, 3DNow.

AMD Athlon

Athlon ist ein eingetragener Markenname des Mikroprozessorherstellers AMD.

Sehen GROMACS und AMD Athlon

AMD Duron

AMD Duron ist der Markenname einer Reihe preisgünstiger Mikroprozessormodelle der Firma Advanced Micro Devices, die im Zeitraum 2000 bis 2004 produziert wurden.

Sehen GROMACS und AMD Duron

C (Programmiersprache)

C ist eine imperative und prozedurale Programmiersprache, die der Informatiker Dennis Ritchie in den frühen 1970er Jahren an den Bell Laboratories entwickelte.

Sehen GROMACS und C (Programmiersprache)

CHARMM

CHARMM (Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics) ist ein Programm für molekulardynamische Berechnungen von (biologischen) Makromolekülen wie Proteinen und DNA.

Sehen GROMACS und CHARMM

Folding@home

Folding@home (oft auch kurz F@H oder FAH) ist ein Volunteer-Computing-Projekt für die Krankheitsforschung, das die Proteinfaltung und andere Arten von Molekulardynamik simuliert.

Sehen GROMACS und Folding@home

Fortran

Fortran ist eine prozedurale, seit 2003 auch eine objektorientierte Programmiersprache, die insbesondere für numerische Berechnungen in Wissenschaft, Technik und Forschung eingesetzt wird.

Sehen GROMACS und Fortran

GNU General Public License

Logo der GPLv3 Die GNU General Public License (kurz GNU GPL oder GPL; aus dem Englischen wörtlich für allgemeine Veröffentlichungserlaubnis oder -genehmigung) ist eine Softwarelizenz, die dem Nutzer gewährt, die Software auszuführen, zu studieren, zu ändern und zu verbreiten (kopieren).

Sehen GROMACS und GNU General Public License

GROMOS

GROMOS bezeichnet zum einen ein Kraftfeld, wie es zur Berechnung molekulardynamischer Simulationen benötigt wird.

Sehen GROMACS und GROMOS

Intel Pentium

Intel Pentium ist der Markenname einer Reihe von Mikroprozessoren der x86-Prozessor-Familie mit 32-Bit-Architektur „IA-32“ sowie einer Reihe von Ein-Chip-Systemen (SoC) mit 64-Bit-Architektur „x64“, die von der Firma Intel entwickelt wurden.

Sehen GROMACS und Intel Pentium

Königliche Technische Hochschule

Die Königliche Technische Hochschule (kurz KTH, englische Bezeichnung KTH Royal Institute of Technology) ist eine Universität in Stockholm und Schwedens größte technische Universität.

Sehen GROMACS und Königliche Technische Hochschule

Kraftfeld (Computerphysik)

Ein Kraftfeld (englisch: force field) ist in der Computerphysik und verwandten Disziplinen, wie der Theoretischen Chemie, eine Parametrisierung der potentiellen Energie und kommt insbesondere bei der Beschreibung von Molekülen zum Einsatz.

Sehen GROMACS und Kraftfeld (Computerphysik)

Linux

Als Linux (deutsch) oder GNU/Linux (siehe GNU/Linux-Namensstreit) bezeichnet man in der Regel freie, unixähnliche Mehrbenutzer-Betriebssysteme, die auf dem Linux-Kernel und wesentlich auf GNU-Software basieren.

Sehen GROMACS und Linux

MacOS

Das Betriebssystem macOS, früher Mac OS X und OS X, ist das Betriebssystem des kalifornischen Hard- und Software-Unternehmens Apple für Laptop- und Desktop-Computer der Mac-Reihe.

Sehen GROMACS und MacOS

Max-Planck-Institut für Polymerforschung

Das Max-Planck-Institut für Polymerforschung (MPI-P) in Mainz ist ein Zentrum zur Erforschung neuer Materialien aus Polymeren.

Sehen GROMACS und Max-Planck-Institut für Polymerforschung

Message Passing Interface

Message Passing Interface (MPI) ist ein Standard, der den Nachrichtenaustausch bei parallelen Berechnungen auf verteilten Computersystemen beschreibt.

Sehen GROMACS und Message Passing Interface

Microsoft Windows

Microsoft Windows (englische Aussprache) bzw.

Sehen GROMACS und Microsoft Windows

Molekulardynamik-Simulation

Moleküldynamik oder Molekulardynamik (MD) bezeichnet Computersimulationen in der molekularen Modellierung, bei denen Wechselwirkungen zwischen Atomen und Molekülen und deren sich daraus ergebende räumliche Bewegungen iterativ berechnet und dargestellt werden.

Sehen GROMACS und Molekulardynamik-Simulation

NAMD

NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics program) ist ein Programm zur Simulation molekulardynamischer Prozesse, das an der University of Illinois at Urbana-Champaign als Kooperationsprojekt zwischen der Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) und dem Parallel Programming Laboratory (PPL) entwickelt wird.

Sehen GROMACS und NAMD

Programmpaket

Ein Programmpaket, Programmsystem, Softwarepaket, eine Software-Suite oder ein Anwendungspaket ist die Zusammenstellung von (logisch) zusammengehörenden Dateien und Anwendungsprogrammen.

Sehen GROMACS und Programmpaket

Quadratwurzel

Graph der Quadratwurzelfunktion y.

Sehen GROMACS und Quadratwurzel

Reichsuniversität Groningen

Die Reichsuniversität Groningen, kurz RUG, ist die zweitälteste Universität der Niederlande.

Sehen GROMACS und Reichsuniversität Groningen

Routine (Programmierung)

Eine Routine ist im Kontext der Programmierung eine Folge von Anweisungen zur Ausführung einer bestimmten Teilaufgabe eines Computerprogramms.

Sehen GROMACS und Routine (Programmierung)

Stanford University

Haupteingang der ''Stanford University'' Memorial Church'' Bogengang Die Leland Stanford Junior University (kurz Stanford University oder Stanford, Spitzname „Die Farm“) ist eine private US-amerikanische Universität in Stanford, Kalifornien.

Sehen GROMACS und Stanford University

Streaming SIMD Extensions

Vergleich der Implementierung von Befehlssatzerweiterungen durch AMD (links) und Intel (rechts), Stand 2013 Die SIMD Extensions (SSE), früher auch Internet SIMD Streaming Extensions (ISSE) ist eine von Intel entwickelte Befehlssatzerweiterung der x86-Architektur, die mit der Einführung des Pentium-III-(Katmai)-Prozessors 1999 vorgestellt wurde und deshalb anfangs den Namen Katmai New Instructions (KNI) trug.

Sehen GROMACS und Streaming SIMD Extensions

Universität Stockholm

Das Arrheniuslabor Der Fachbereich Mathematik Die Universität Stockholm (schwedisch Stockholms universitet, abgekürzt SU; lat.: Universitas Holmiensis) ist eine der 16 Hochschulen und Universitäten in der schwedischen Hauptstadt.

Sehen GROMACS und Universität Stockholm

Universität Uppsala

Eingangshalle des Hauptgebäudes Die Universität Uppsala (schwedisch: Uppsala universitet; lat.: Universitas Regia Upsaliensis) wurde 1477 von Erzbischof Jakob Ulfsson und dem Regenten Sten Sture dem Älteren in Uppsala gegründet und ist damit die älteste noch existierende Universität Skandinaviens.

Sehen GROMACS und Universität Uppsala

Virialgleichungen

Virialgleichungen sind Erweiterungen der allgemeinen Gasgleichung durch eine Reihenentwicklung nach Potenzen von 1/V_\mathrm.

Sehen GROMACS und Virialgleichungen

Xmgrace

Xmgrace – oft auch nur Grace – ist ein freies Programm zur Verarbeitung und Darstellung von Messwerten.

Sehen GROMACS und Xmgrace

3DNow

3DNow!-Logo, wie es mit dem K6-2 verwendet wurde 3DNow! bezeichnet die von AMD, Centaur und Cyrix erarbeitete Multimedia-Befehlssatzerweiterung, die mit dem AMD K6-2 1998 eingeführt wurde.

Sehen GROMACS und 3DNow