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Primerdesign

Index Primerdesign

Das Primerdesign (IPA) bezeichnet in der Biochemie Verfahren zum rationalen Design von Oligonukleotiden zur Verwendung als Primer in einer Polymerase-Kettenreaktion oder verwandten Methoden.

Inhaltsverzeichnis

  1. 30 Beziehungen: Amplifikation (Genetik), Beurteilung eines binären Klassifikators, Biochemie, BLAST-Algorithmus, Cytosin, Desoxyribonukleinsäure, DNA-Polymerasen, DNA-Sequenzierung, Einzelnukleotid-Polymorphismus, Enthalpie, Entropie, Grad Celsius, Guanosin, Homologie (Genetik), Hybridisierung (Molekularbiologie), Hydroxygruppe, In vitro, International Union of Pure and Applied Chemistry, Internationales Phonetisches Alphabet, Mutation, Oligonukleotide, PCR-Optimierung, Phosphoramidit-Synthese, Polymerase-Kettenreaktion, Primer, Rationales Design, Reverse Transkription, Ribonukleinsäure, Sekundärstruktur, Thermostabile DNA-Polymerase.

Amplifikation (Genetik)

Amplifikation bezeichnet die Vermehrung von DNA-Abschnitten.

Sehen Primerdesign und Amplifikation (Genetik)

Beurteilung eines binären Klassifikators

Bei einer Klassifizierung werden Objekte anhand von bestimmten Merkmalen durch einen Klassifikator in verschiedene Klassen eingeordnet.

Sehen Primerdesign und Beurteilung eines binären Klassifikators

Biochemie

Die Biochemie (zu griechisch βÎŻος bíos ‚Leben‘, und zu „Chemie“) oder biologische Chemie, früher auch physiologische Chemie genannt, ist die Lehre von chemischen Vorgängen in Lebewesen, dem Stoffwechsel.

Sehen Primerdesign und Biochemie

BLAST-Algorithmus

Foto 1: Schematischer Ablauf einer BLAST-Abfrage. BLAST (Abkürzung für) ist der Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am meisten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten.

Sehen Primerdesign und BLAST-Algorithmus

Cytosin

Cytosin (C, Cyt) ist eine der vier Nukleinbasen in der DNA und RNA, zusammen mit Adenin, Guanin und Thymin (Uracil in RNA).

Sehen Primerdesign und Cytosin

Desoxyribonukleinsäure

DNA-Helix in B-Konformation (Struktur­modell): Die Stickstoff (blau) enthaltenden Nukleinbasen liegen waagrecht zwischen zwei Rückgratsträngen, welche sehr reich an Sauerstoff (rot) sind. Kohlenstoff ist grün dargestellt. Desoxyribonukleinsäure (abgekürzt DNS), meist kurz als DNA (Abkürzung für) bezeichnet, ist eine aus unterschiedlichen Desoxyribonukleotiden aufgebaute Nukleinsäure.

Sehen Primerdesign und Desoxyribonukleinsäure

DNA-Polymerasen

DNA-Polymerasen sind Enzyme, die als Polymerase die Synthese von DNA aus Desoxyribonukleotiden katalysieren.

Sehen Primerdesign und DNA-Polymerasen

DNA-Sequenzierung

DNA-Sequenzierung ist die Bestimmung der Nukleotid-Abfolge in einem DNA-Molekül.

Sehen Primerdesign und DNA-Sequenzierung

Einzelnukleotid-Polymorphismus

DNA-Molekül 1 unterscheidet sich von DNA-Molekül 2 in einem einzigen Basenpaar. Video: SNiPs und ihr Einfluss auf das Körpergewicht Mit dem Begriff Einzelnukleotid-Polymorphismus (SNP, engl. Single Nucleotide Polymorphism; im Laborjargon gesprochen: ‚Snip‘) wird eine Variation eines einzelnen Basenpaares in einem komplementären DNA-Doppelstrang bezeichnet.

Sehen Primerdesign und Einzelnukleotid-Polymorphismus

Enthalpie

Die Reaktionsenthalpie der Verbrennung von Alkohol an der Luft ist negativ. Es handelt sich also um eine exotherme Reaktion, bei der Wärme an die Umgebung abgegeben wird. Die Schmelzenthalpie ist die notwendige Energiemenge, die zum Schmelzen des Eises bei konstantem Druck aufgebracht werden muss.

Sehen Primerdesign und Enthalpie

Entropie

Beim Schmelzen von Eis wird die geordnete Eiskristallstruktur in eine ungeordnete Bewegung einzelner Wassermoleküle überführt: ''Die Entropie des Wassers im Eiswürfel nimmt dabei zu'' (Rudolf Clausius 1862) Die Entropie ist eine in der Thermodynamik definierte physikalische Größe von fundamentaler Bedeutung.

Sehen Primerdesign und Entropie

Grad Celsius

Das Grad Celsius ist eine Maßeinheit der Temperatur, die nach Anders Celsius benannt wurde.

Sehen Primerdesign und Grad Celsius

Guanosin

Guanosin ist ein Nukleosid und besteht aus der Nukleinbase Guanin und dem Zucker β-D-Ribose.

Sehen Primerdesign und Guanosin

Homologie (Genetik)

Zwei Gene (oder Proteine) sind zueinander homolog, wenn sie von einem gemeinsamen Vorläufer abstammen.

Sehen Primerdesign und Homologie (Genetik)

Hybridisierung (Molekularbiologie)

Die Hybridisierung (lat. hybrida: Mischling, Bastard; engl. hybridisation) bezeichnet einen für molekulargenetische Techniken bedeutsamen Vorgang, bei dem sich an einem Einzelstrang einer DNA (z. B. Southern Blot) oder einer RNA (z. B. Northern Blot) ein mehr oder weniger vollständig komplementärer DNA- bzw.

Sehen Primerdesign und Hybridisierung (Molekularbiologie)

Hydroxygruppe

Hydroxygruppe ('''blau''' markiert) als funktionelle Gruppe eines Alkohols. R ist dann eine Alkylgruppe. Die Hydroxygruppe (ältere, immer noch verwendete Bezeichnung Hydroxylgruppe) –OH ist die funktionelle Gruppe der Alkohole und Phenole und kommt auch in Kohlenhydraten oder bei Hydroxycarbonsäuren als Strukturelement eines Alkohols vor.

Sehen Primerdesign und Hydroxygruppe

In vitro

In-vitro-Kultur von Weinreben Axenische In-vitro-Kultivierung von ''Physcomitrella patens'' auf Agarplatten (Petrischale, 9 cm Durchmesser) Als in vitro (‚im Glas‘) bezeichnet man organische Vorgänge, die außerhalb eines lebenden Organismus stattfinden, im Gegensatz zu solchen, die im lebenden Organismus (in vivo) ablaufen.

Sehen Primerdesign und In vitro

International Union of Pure and Applied Chemistry

Die International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) wurde im Jahr 1919 von Chemikern aus der Industrie und von Universitäten gegründet.

Sehen Primerdesign und International Union of Pure and Applied Chemistry

Internationales Phonetisches Alphabet

IPA-Tabelle 2020 (deutsch) Das Internationale Phonetische Alphabet (kurz IPA) ist ein phonetisches Alphabet und somit eine Sammlung von Zeichen, mit deren Hilfe die Laute aller menschlichen Sprachen nahezu genau beschrieben und notiert werden können.

Sehen Primerdesign und Internationales Phonetisches Alphabet

Mutation

Rote Tulpe mit halbem gelben Blütenblatt aufgrund einer Mutation Mutation einer Hummel-Ragwurz mit Doppelblüte im Naturschutzgebiet Langheck bei Nittel Blaue Mutante des in der Wildform grünen Halsbandsittichs (''Psittacula krameri'') Als Mutation (von lateinisch mutatio, von mutare „ändern/verändern, verwandeln“) wird in der Biologie eine spontan auftretende, dauerhafte Veränderung des Erbgutes bezeichnet.

Sehen Primerdesign und Mutation

Oligonukleotide

Oligonukleotide (von) sind aus wenigen Nukleotiden (DNA oder RNA) aufgebaute Oligomere (mit Suffix -mer von gr. meros ‚Teil‘, ‚Gebiet‘).

Sehen Primerdesign und Oligonukleotide

PCR-Optimierung

Agarosegel mit PCR-Produkten. Wenn die PCR spezifisch erfolgt ist, ergibt sich in einer einfachen PCR nur eine Bande pro Spur, bei einer Multiplex-PCR mehrere. Die erste und die letzte Spur enthalten eine DNA-Leiter. Die PCR-Optimierung umfasst die gezielte Veränderung der Reaktionsbedingungen einer Polymerasekettenreaktion.

Sehen Primerdesign und PCR-Optimierung

Phosphoramidit-Synthese

2′-Desoxynucleosidphosphoramidite mit Schutzgruppen. Die Phosphoramidit-Synthese ist eine Methode der Biochemie zur Herstellung von RNA- oder DNA-Sequenzen aus Nukleosid-Phosphoramiditen.

Sehen Primerdesign und Phosphoramidit-Synthese

Polymerase-Kettenreaktion

Funktionsweise des PCR-Tests, erklärt am Beispiel eines Corona-Tests (Video) Als Polymerase-Kettenreaktion (PCR) bezeichnet man Methoden zur in vitro-Vervielfältigung von Erbsubstanz (Desoxyribonukleinsäure).

Sehen Primerdesign und Polymerase-Kettenreaktion

Primer

Als Primer (Pl.: die Primer; IPA) wird in der Molekularbiologie ein Oligonukleotid bezeichnet, das als Startpunkt für DNA-replizierende Enzyme wie die DNA-Polymerase dient.

Sehen Primerdesign und Primer

Rationales Design

Rationales Design bezeichnet die Strategie des gezielten Entwurfs von Molekülen, basierend auf zuvor gewonnenen Erkenntnissen.

Sehen Primerdesign und Rationales Design

Reverse Transkription

Vermehrung eines Retrovirus über RNA am Beispiel von HIV. Als Reverse Transkription wird in der Genetik die Synthese von DNA anhand einer RNA als Vorlage bezeichnet.

Sehen Primerdesign und Reverse Transkription

Ribonukleinsäure

Verknüpfung der Nukleinbasen (C, G, A und U) über ein Zucker- (grau) und Phosphatrückgrat (türkis) zur RNA Ribonukleinsäure (Ribo|nukle-in|säure, kurz RNS; englisch RNA für ribonucleic acid; lateinisch-französisch-griechisches Kunstwort) ist eine Nukleinsäure, die sich als Polynukleotid aus einer Kette von vielen Nukleotiden zusammensetzt.

Sehen Primerdesign und Ribonukleinsäure

Sekundärstruktur

upright.

Sehen Primerdesign und Sekundärstruktur

Thermostabile DNA-Polymerase

''Taq''-DNA-Polymerase mit Exonuklease- (oben links) und Polymerasedomäne mit DNA (unten rechts) Thermostabile DNA-Polymerasen sind DNA-Polymerasen, die von Thermophilen, zumeist Bakterien- oder Archaeenarten, entstammen und daher thermostabil sind.

Sehen Primerdesign und Thermostabile DNA-Polymerase