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FASTA-Algorithmus

Index FASTA-Algorithmus

Der heuristische FASTA-Algorithmus wurde 1985 von David J. Lipman und William R. Pearson als FASTP für Proteine entwickelt.

Inhaltsverzeichnis

  1. 11 Beziehungen: Algorithmus, BLAST-Algorithmus, Datenbank, David J. Lipman, European Bioinformatics Institute, FASTA-Format, Heuristik, Nukleotide, Protein, Sequenzalignment, SIMAP.

Algorithmus

sowjetischen Briefmarke anlässlich seines 1200-jährigen Geburtsjubiläums Ein Algorithmus (benannt nach al-Chwarizmi, von arabisch: Choresmier) ist eine eindeutige Handlungsvorschrift zur Lösung eines Problems oder einer Klasse von Problemen.

Sehen FASTA-Algorithmus und Algorithmus

BLAST-Algorithmus

Foto 1: Schematischer Ablauf einer BLAST-Abfrage. BLAST (Abkürzung für) ist der Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am meisten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten.

Sehen FASTA-Algorithmus und BLAST-Algorithmus

Datenbank

Eine Datenbank, auch Datenbanksystem genannt, ist ein System zur elektronischen Datenverwaltung.

Sehen FASTA-Algorithmus und Datenbank

David J. Lipman

David J. Lipman (2013) David J. Lipman (* 1954 in Rochester, New York) ist ein US-amerikanischer Biomediziner.

Sehen FASTA-Algorithmus und David J. Lipman

European Bioinformatics Institute

European Bioinformatics Institute, Hinxton, Cambridge, UK Das European Bioinformatics Institute (EBI; deutsch: Europäisches Institut für Bioinformatik) ist Teil des Europäischen Laboratoriums für Molekularbiologie (EMBL) und ein Zentrum für Forschung und Dienstleistungen auf dem Gebiet der Bioinformatik.

Sehen FASTA-Algorithmus und European Bioinformatics Institute

FASTA-Format

Das FASTA-Format ist ein textbasiertes Format zur Darstellung und Speicherung der Primärstruktur von Nukleinsäuren (Nukleinsäuresequenz) und Proteinen (Proteinsequenz) in der Bioinformatik.

Sehen FASTA-Algorithmus und FASTA-Format

Heuristik

Heuristik (von altgriechisch εὑρίσκω heurísko (ich finde) bzw. εὑρίσκειν heurískein (auffinden, entdecken)) bezeichnet Methoden, die mit begrenztem Wissen (unvollständigen Informationen) und wenig Zeit dennoch zu wahrscheinlichen Aussagen oder praktikablen Lösungen kommen.

Sehen FASTA-Algorithmus und Heuristik

Nukleotide

Als Nukleotide, auch Nucleotide (abgekürzt nt), werden die Bausteine von Nukleinsäuren sowohl in Strängen der Ribonukleinsäure (RNA bzw. deutsch RNS) wie auch der Desoxyribonukleinsäure (DNA bzw. deutsch DNS) bezeichnet.

Sehen FASTA-Algorithmus und Nukleotide

Protein

O2 anlagern kann. Ein Protein, umgangssprachlich Eiweiß (veraltet Eiweißstoff) genannt, ist ein biologisches Makromolekül, das aus Aminosäuren aufgebaut wird, die durch Peptidbindungen verknüpft sind.

Sehen FASTA-Algorithmus und Protein

Sequenzalignment

Sequenzalignment (von lateinisch sequentia, „Aufeinanderfolge“ und englisch alignment, „Abgleich, Anordnung, Ausrichtung“) bezeichnet den methodischen Vergleich zweier oder mehrerer Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen in linearer Abfolge.

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SIMAP

SIMAP (Similarity Matrix of Proteins; dt.: Ähnlichkeitsmatrix für Proteine) ist eine Datenbank für Proteinähnlichkeiten.

Sehen FASTA-Algorithmus und SIMAP