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CRISPRi

Index CRISPRi

CRISPRi-vermittelte Hemmung der Initiation oder Elongation CRISPRi (von CRISPR interference) ist eine biochemische Methode zur Hemmung einer bestimmten Transkription, die eine Genexpression des blockierten Gens hemmt (Gen-Knockdown).

41 Beziehungen: Alanin, Asparaginsäure, Cas9, Cell (Zeitschrift), Chromatin, CRISPR, CRISPR/Cas-Methode, CRISPRa, Endonuklease, Eukaryoten, Fusionsprotein, Gen, Genexpression, Gram-Färbung, Histidin, Hochdurchsatz-Screening, Horizontaler Gentransfer, Jennifer A. Doudna, Jonathan Weissman, Kernlokalisierungssignal, Knock-down, Konjugation (Biologie), Luciano Marraffini, Mutation, Nature Biotechnology, Philippe Horvath, Promotor (Genetik), Proteindomäne, Proteinkomplex, Protospacer Adjacent Motif, Punktmutation, Repressor, Ribonukleinsäure, RNA-Interferenz, Rodolphe Barrangou, Science, Scientific Reports, Single Guide RNA, Spleißen (Biologie), Transkription (Biologie), Zellkern.

Alanin

Alanin, abgekürzt Ala oder A, ist eine nicht-essentielle α-Aminosäure.

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Asparaginsäure

Asparaginsäure, abgekürzt Asp oder D, ist in ihrer natürlichen L-Form eine der proteinogenen ''α''-Aminosäuren.

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Cas9

Cas9 (von CRISPR-associated, veraltet auch Cas5, Csn1 oder Csx12) ist eine Endonuklease und ein Ribonukleoprotein aus Bakterien.

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Cell (Zeitschrift)

Cell ist eine seit 1974 vierzehntäglich erscheinende wissenschaftliche Zeitschrift.

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Chromatin

Chromatin (DAPI-Färbung, blau) in einem Mauszellkern. Links mit einem Konfokalmikroskop aufgenommen, rechts mit der verbesserten Auflösung eines 3D-SIM-Mikroskops. Daneben sind Kernporen (anti-NPC, rot) und die Lamina unter der Kernhülle dargestellt (anti-Lamin B, grün). In den Detailvergrößerungen rechts unten lässt sich erkennen, dass unter den Kernporen jeweils ein chromatinfreier Raum besteht. Der Maßstab entspricht 5 µm (oben) und 1 µm (unten). Chromatin ist das Material, aus dem die Chromosomen bestehen.

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CRISPR

Typ-I CRISPR-surveillance-complex (Cas, blau) mit gebundener Ziel-DNA (orange) CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short '''P'''alindromic Repeats) sind Abschnitte sich wiederholender DNA (repeats), die im Erbgut vieler Bakterien und Archaeen auftreten.

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CRISPR/Cas-Methode

CRISPR/Cas-Komplex mit DNA Die CRISPR/Cas-Methode (von englisch Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – gruppierte kurze palindromische Wiederholungen mit regelmäßigen Abständen und CRISPR-associated – CRISPR-assoziiertes Protein) ist eine molekularbiologische Methode, um DNA gezielt zu schneiden und zu verändern (Genome Editing).

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CRISPRa

CRISPRa (von CRISPR activation) ist eine biochemische Methode zur Erzeugung von Transkriptionsfaktoren mit bestimmbarer DNA-Zielsequenz.

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Endonuklease

Als Endonuklease wird eine Nuklease bezeichnet, die ein Substrat (die Nukleinsäure – DNA und/oder RNA) durch Spaltung einer inneren Phosphodiesterbindung abbaut, also nicht endständig spaltet.

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Eukaryoten

Schematische Darstellung einer Tierzelle als Beispiel einer eukaryotischen Zelle Schematische Darstellung einer Pflanzenzelle als Beispiel einer eukaryotischen Zelle Plasma­mem­bran, 11: Spitzenkörper (engl.), 12: Golgi-Apparat Eukaryoten oder Eukaryonten (Eukaryota) (von altgriechisch εὖ eu.

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Fusionsprotein

Ein Fusionsprotein (auch Hybridprotein) entsteht durch die gemeinsame Expression zweier Gene oder Genteile, die hintereinander im Genom liegen.

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Gen

Schematische Darstellung eines Gens. Es ist ein relativ kurzer Abschnitt des durchgängigen DNA-Moleküls, der im Bild verkürzt gezeigt ist und hier aus zwei Exons und einem Intron besteht. Die DNA-Doppelhelix kondensiert mittels Nukleosomen zur Chromatide eines kompakten Chromosoms, wie es bei Eukaryoten in der späten mitotischen Metaphase vorliegt. Als Gen wird meist ein Abschnitt auf der Desoxyribonukleinsäure (englische Abkürzung: DNA) bezeichnet, der Grundinformationen für die Entwicklung von Eigenschaften eines Individuums und zur Herstellung einer biologisch aktiven Ribonukleinsäure (englische Abkürzung: RNA) enthält.

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Genexpression

Genexpression, kurz Expression oder Exprimierung (von lateinisch exprimere „ausdrücken“), bezeichnet im weiten Sinn, wie ein Gen (eine bestimmte genetische Information) zum Ausdruck kommt und in Erscheinung tritt.

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Gram-Färbung

''Bacillus cereus'', lichtmikroskopisch, ''grampositiv'' ''Pseudomonas aeruginosa'', lichtmikroskopisch, ''gramnegativ'' ''Staphylococcus aureus'' (Kokken, grampositiv, dunkelviolett) und ''Escherichia coli'' (Stäbchen, gramnegativ, rot) Die Gram-Färbung (oder Gramfärbung) ist eine vom dänischen Bakteriologen Hans Christian Gram entwickelte und 1884 eingeführte Methode zur differenzierenden Färbung von Bakterien für die mikroskopische Untersuchung.

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Histidin

Histidin, abgekürzt His oder H, ist in der natürlichen L-Form eine bedingt essentielle, proteinogene α-Aminosäure und wurde 1896 unabhängig voneinander von Sven Gustaf Hedin und Albrecht Kossel entdeckt.

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Hochdurchsatz-Screening

High-Throughput-Screening-Roboter Pipettierautomat Tecan Genesis bei der Probenvorbereitung High-Throughput-Screening (HTS), auch Hochdurchsatz-Screening genannt, ist eine vor allem in der Pharmaforschung angewendete, automatisierte Methode, bei der im Hochdurchsatz an Zehntausenden bis Millionen von Substanzen biochemische, genetische oder pharmakologische Tests durchgeführt werden.

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Horizontaler Gentransfer

Austausch des F-Plasmids durch Konjugation Moderner Stammbaum des Lebens. Er teilt sich in drei Domänen, entsprechend der Ergebnisse von Carl Woese und Anderen. Der horizontale Gentransfer durch Chloroplasten und Mitochondrien findet sich in der unteren Mitte der Abbildung. Nach Woese hat bei der Entstehung der drei Domänen aus einem Konsortium von Urzellen mit sehr kleinem Genom der horizontale Gentransfer die entscheidende Rolle gespielt (Abb. unten).''Nature Reviews Microbiology.'' 3, September 2005, S. 675–678. Horizontaler Gentransfer (HGT) oder lateraler Gentransfer (LGT) bezeichnet eine Übertragung von genetischem Material nicht entlang der Abstammungslinie, also nicht von einer Generation zur darauf folgenden, sondern „horizontal“ von einem Organismus in einen bereits existierenden anderen hinein.

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Jennifer A. Doudna

Jennifer Doudna (2021) Jennifer Anne Doudna Cate (* 19. Februar 1964 in Washington, D.C.) ist eine US-amerikanische Biochemikerin und Molekularbiologin an der University of California, Berkeley.

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Jonathan Weissman

Jonathan S. Weissman ist ein US-amerikanischer Biochemiker, Biophysiker und Zellbiologe.

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Kernlokalisierungssignal

Das Kernlokalisierungssignal (auch Kernlokalisationssignal oder Kernlokalisierungssequenz, englisch nuclear localization signal, abgekürzt NLS) ist eine aus wenigen Aminosäuren bestehende Signalsequenz, die Proteine tragen, die in den Zellkern eingeschleust werden sollen.

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Knock-down

Der Knock-down (auch Gen-Knock-down oder Gen-Knockdown, engl. für ‚herunterschlagen‘) ist eine Methode, bei der eine Genexpression von einem oder mehreren Genen einer Zelle oder eines Organismus durch RNA-Interferenz oder kompetitive Inhibition gemindert wird.

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Konjugation (Biologie)

Konjugation (von) bezeichnet in der Mikrobiologie die Übertragung von Teilen des Genoms von einer Spenderzelle (Donor) auf eine Empfängerzelle (Rezipient) durch direkten Zellkontakt.

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Luciano Marraffini

Luciano Marraffini (2019) Luciano A. Marraffini (* 1974) ist ein aus Argentinien stammender US-amerikanischer Mikrobiologe an der Rockefeller University.

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Mutation

Rote Tulpe mit halbem gelben Blütenblatt aufgrund einer Mutation Mutation einer Hummel-Ragwurz mit Doppelblüte im Naturschutzgebiet Langheck bei Nittel Blaue Mutante des in der Wildform grünen Halsbandsittichs (''Psittacula krameri'') Als Mutation (von lateinisch mutatio, von mutare „ändern/verändern, verwandeln“) wird in der Biologie eine spontan auftretende, dauerhafte Veränderung des Erbgutes bezeichnet.

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Nature Biotechnology

Nature Biotechnology, abgekürzt Nat.

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Philippe Horvath

Philippe Horvath (* 17. April 1970) ist ein französischer Biologe, der bei der Biotechnologiesparte des Konzerns DuPont beschäftigt ist.

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Promotor (Genetik)

Als Promotor, auch Promoter (ursprünglich franz. promoteur, Anstifter, Initiator), wird in der Genetik eine Nukleotid-Sequenz auf der DNA bezeichnet, die die regulierte Expression eines Gens ermöglicht.

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Proteindomäne

Eine Proteindomäne ist ein Bereich eines Proteins mit stabiler, meist kompakter Faltungsstruktur, der funktional und strukturell unabhängig von benachbarten Abschnitten ist.

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Proteinkomplex

Ein Proteinkomplex ist eine Zusammenlagerung mehrerer Proteine.

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Protospacer Adjacent Motif

Protospacer adjacent Motif (PAM, ‚Vorabstandshalter-angrenzendes Motiv‘ bzw. Protospacer-Nachbarmotiv) ist in der Biochemie ein Sequenzmotiv von DNA, an das die Endonucleasen vom Typ Cas binden.

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Punktmutation

Als Punktmutation wird in der Biologie eine Genmutation bezeichnet, wenn durch die Veränderung nur eine einzelne Nukleinbase betroffen ist.

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Repressor

Als Repressor bezeichnet man in der Genetik ein Protein, welches sich an den Operator in der DNA bindet und damit die Bindung der RNA-Polymerase an den Promotor blockiert.

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Ribonukleinsäure

Verknüpfung der Nukleinbasen (C, G, A und U) über ein Zucker- (grau) und Phosphatrückgrat (türkis) zur RNA Ribonukleinsäure (Ribo|nukle-in|säure, kurz RNS; englisch RNA für ribonucleic acid; lateinisch-französisch-griechisches Kunstwort) ist eine Nukleinsäure, die sich als Polynukleotid aus einer Kette von vielen Nukleotiden zusammensetzt.

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RNA-Interferenz

Die RNA-Interferenz (kurz RNAi oder auch RNA-Silencing) ist ein natürlicher Mechanismus in den Zellen von Lebewesen mit einem Zellkern (Eukaryoten), welcher der zielgerichteten Abschaltung von Genen dient.

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Rodolphe Barrangou

Rodolphe Barrangou (geb. vor 1996) ist ein französisch-amerikanischer Biowissenschaftler an der North Carolina State University in Raleigh, North Carolina.

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Science

Science (für Natur-, Sozial- und Formalwissenschaft) ist die Fachzeitschrift der American Association for the Advancement of Science (AAAS, englisch für Amerikanische Gesellschaft zur Förderung der Naturwissenschaften) und gilt neben Nature als die weltweit wichtigste ihrer Art.

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Scientific Reports

Scientific Reports ist eine wissenschaftliche Fachzeitschrift, die online durch die Nature Research herausgegeben wird.

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Single Guide RNA

sgRNA bei Cas9 (grün) Basenpaarung zwischen der sgRNA und Zielsequenz Arbeitsschritte beim Entwurf einer sgRNA Single Guide RNA (sgRNA) ist eine künstliche RNA, die in der CRISPR/Cas-Methode, der CRISPRi oder der CRISPRa in Kombination mit Cas9 oder Cas12b verwendet wird.

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Spleißen (Biologie)

RNA eine entscheidende Rolle. Sie dient als Informationsträger zwischen DNA und Ribosom, der in mehreren Schritten verändert wird Schematische Darstellung des Splicing. Schematische Darstellung für alternatives Splicing. Als Spleißen bzw.

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Transkription (Biologie)

Als Transkription (von spätlateinisch transcriptio „Übertragung“ zu lateinisch transcribere „um-/ überschreiben“) wird in der Genetik die Synthese von RNA anhand einer DNA als Vorlage bezeichnet.

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Zellkern

Ein Zellkern oder Nukleus („Kern“) ist ein im Cytoplasma gelegenes, meist rundlich geformtes Organell der eukaryotischen Zelle, welches das Erbgut enthält.

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Leitet hier um:

CRISPR Interference.

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