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Phylogenomik

Index Phylogenomik

Phylogenomik ist ein Fachgebiet, das sich mit der Analyse von Stammbäumen unter Verwendung von sequenzierten Genomen beschäftigt.

27 Beziehungen: Abstammung, Art (Biologie), Bioinformatik, DNA-Sequenzierung, Emile Zuckerkandl, Endosymbiontentheorie, Eukaryoten, Evolution, Genom, Horizontaler Gentransfer, Linus Pauling, Multilocus Sequence Analysis, Multilocus Sequence Typing, Nature Reviews Genetics, Nukleotidsequenz, Photosynthese, Phylogenetik, Phylogenetischer Baum, Reverse Transkription, Ribosomale DNA, Sequenzalignment, Stammbaum, Stoffwechselweg, Transkriptom, Trennschärfe eines Tests, Zelle (Biologie), Zellkern.

Abstammung

Abstammung ist ein Begriff aus der Biologie, der besagt, dass die gesamte organismische Mannigfaltigkeit der Erde das Ergebnis einer stammesgeschichtlichen Entwicklung (Phylogenie) ist.

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Art (Biologie)

Biological classification de Knapp die Hälfte aller heute lebenden bekannten Arten sind Insekten. Die Art, auch Spezies oder Species genannt, ist in der Biologie (einschließlich Virologie und Palichnologie) die Grundeinheit der Systematik.

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Bioinformatik

Oberflächenprotein eines Influenza-Virus (Modell) Die Bioinformatik ist eine interdisziplinäre Wissenschaft, die Probleme aus den Lebenswissenschaften mit theoretischen computergestützten Methoden löst.

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DNA-Sequenzierung

DNA-Sequenzierung ist die Bestimmung der Nukleotid-Abfolge in einem DNA-Molekül.

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Emile Zuckerkandl

Emile Zuckerkandl (* 4. Juli 1922 in Wien; † 9. November 2013 in Palo Alto, Kalifornien) war Evolutionsbiologe österreichischer Herkunft, der in Frankreich und den USA tätig war.

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Endosymbiontentheorie

Schematische Darstellung der Endosymbiontentheorie'''schwarz''': Zell- oder Organellmembran;'''rosa''': eukaryotische DNA;'''grün''': cyanobakterielle DNA;'''rot''': proteobakterielle oder mitochondriale DNA Die Endosymbiontentheorie (‚innen‘ und symbíōsis ‚Zusammenleben‘) besagt, dass Eukaryoten aus einer Endosymbiose prokaryotischer Vorläuferorganismen hervorgegangen sind.

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Eukaryoten

Schematische Darstellung einer Tierzelle als Beispiel einer eukaryotischen Zelle Schematische Darstellung einer Pflanzenzelle als Beispiel einer eukaryotischen Zelle Plasma­mem­bran, 11: Spitzenkörper (engl.), 12: Golgi-Apparat Eukaryoten oder Eukaryonten (Eukaryota) (von altgriechisch εὖ eu.

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Evolution

Unter Evolution (von „herausrollen“, „auswickeln“, „entwickeln“) versteht man im deutschsprachigen Raum in erster Linie die biologische Evolution.

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Genom

Der Chromosomensatz eines Mannes als Karyogramm dargestellt Schematisches Karyogramm Das Genom, auch Erbgut (oder Erbmasse) eines Lebewesens oder eines Virus, ist die Gesamtheit der materiellen Träger der vererbbaren Informationen einer Zelle oder eines Viruspartikels: Chromosomen, Desoxyribonukleinsäure (DNS.

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Horizontaler Gentransfer

Austausch des F-Plasmids durch Konjugation Moderner Stammbaum des Lebens. Er teilt sich in drei Domänen, entsprechend der Ergebnisse von Carl Woese und Anderen. Der horizontale Gentransfer durch Chloroplasten und Mitochondrien findet sich in der unteren Mitte der Abbildung. Nach Woese hat bei der Entstehung der drei Domänen aus einem Konsortium von Urzellen mit sehr kleinem Genom der horizontale Gentransfer die entscheidende Rolle gespielt (Abb. unten).''Nature Reviews Microbiology.'' 3, September 2005, S. 675–678. Horizontaler Gentransfer (HGT) oder lateraler Gentransfer (LGT) bezeichnet eine Übertragung von genetischem Material nicht entlang der Abstammungslinie, also nicht von einer Generation zur darauf folgenden, sondern „horizontal“ von einem Organismus in einen bereits existierenden anderen hinein.

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Linus Pauling

Linus Pauling, 1962 Linus Carl Pauling (* 28. Februar 1901 in Portland, Oregon; † 19. August 1994 in Big Sur, Kalifornien) war ein US-amerikanischer Chemiker.

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Multilocus Sequence Analysis

Multi-Locus Sequence Analysis (zu deutsch Multi-Locus-Sequenzanalyse, MLSA) ist eine biochemische und bioinformatische Methode der Phylogenomik zur Bestimmung von Verwandtschaftsgraden zwischen Arten und Unterarten, insbesondere von Prokaryoten.

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Multilocus Sequence Typing

Multilocus Sequence Typing (zu Deutsch Multi-Locus-Sequenztypisierung, MLST) ist eine biochemische und bioinformatische Methode der Phylogenomik zur Bestimmung von Verwandtschaftsgraden zwischen Arten und Unterarten, insbesondere von Prokaryoten.

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Nature Reviews Genetics

Nature Reviews Genetics ist eine monatlich erscheinende Fachzeitschrift, die von der Nature-Verlagsgruppe herausgegeben wird.

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Nukleotidsequenz

Ausschnitt aus dem Chromatogramm einer automatischen DNA-Sequenzierung. Die Nukleotidsequenz ist die Abfolge der Nukleotide einer Nukleinsäure, üblicherweise Desoxyribonukleinsäure (DNS, DNA) oder Ribonukleinsäure (RNS, englisch RNA).

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Photosynthese

Bei den Landpflanzen findet Photosynthese in den Chloroplasten statt, hier in der Blattspreite des Laubmooses ''Plagiomnium affine''. Video: Die Photosynthese der Bäume (veranschaulichende, sehr vereinfachende Darstellung) Die Photosynthese (und de, auch Fotosynthese geschrieben) ist ein physiologischer Prozess zur Erzeugung energiereicher Biomoleküle aus energieärmeren Stoffen mit Hilfe von Lichtenergie.

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Phylogenetik

Baum des Lebens Die Phylogenetik (retronymes Kofferwort aus gr. phylé, phylon ‚Stamm‘, ‚Clan‘, ‚Sorte‘ und genetikós ‚Ursprung‘) ist eine Fachrichtung der Genetik und Bioinformatik, die sich mit der Erforschung von Abstammungen beschäftigt.

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Phylogenetischer Baum

Phylogenetischer Baum basierend auf rRNA Genen Ein phylogenetischer Baum ist ein Baum, der die evolutionären Beziehungen zwischen verschiedenen Arten oder anderen Einheiten darstellt, von denen man vermutet, dass sie einen gemeinsamen Vorfahren besitzen.

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Reverse Transkription

Vermehrung eines Retrovirus über RNA am Beispiel von HIV. Als Reverse Transkription wird in der Genetik die Synthese von DNA anhand einer RNA als Vorlage bezeichnet.

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Ribosomale DNA

Als Ribosomale DNA (rDNA) werden jene Abschnitte der Desoxyribonukleinsäure (DNA) bezeichnet, die die Gene für ribosomale RNA (rRNA) enthalten.

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Sequenzalignment

Sequenzalignment (von lateinisch sequentia, „Aufeinanderfolge“ und englisch alignment, „Abgleich, Anordnung, Ausrichtung“) bezeichnet den methodischen Vergleich zweier oder mehrerer Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen in linearer Abfolge.

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Stammbaum

Schematischer Aufbau eines Stammbaumes Ein Stammbaum, erzeugt mit der Software ''Ahnenblatt'' Rudolfs von Habsburg zurückzuführen Ein Stammbaum (neuzeitliche Lehnübertragung von mittellateinisch arbor consanguinitatis „Baum der Blutsverwandtschaft“) ist im allgemeinen Sinne die baumförmige Darstellung der Abstammung von Lebewesen, Sachen oder Ideen voneinander, ausgehend von einem oder zwei zugrundeliegenden Exemplaren an der Baumwurzel.

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Stoffwechselweg

Unter Stoffwechselwegen versteht man die Auf-/Ab- und Umbauprozesse in den Zellen.

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Transkriptom

Das Transkriptom ist die Summe aller zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle transkribierten, das heißt von der DNA in RNA umgeschriebenen Gene, also die Gesamtheit aller in einer Zelle hergestellten RNA-Moleküle.

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Trennschärfe eines Tests

Trennschärfe eines Tests beschreibt die Entscheidungsfähigkeit eines statistischen Tests.

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Zelle (Biologie)

prokaryotischen Einzeller: ''Bacillus subtilis'' Paramecium aurelia'' Eine Zelle ist die kleinste lebende Einheit aller Organismen.

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Zellkern

Ein Zellkern oder Nukleus („Kern“) ist ein im Cytoplasma gelegenes, meist rundlich geformtes Organell der eukaryotischen Zelle, welches das Erbgut enthält.

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