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ChIP-Seq

Index ChIP-Seq

ChIP-Seq Ablaufschema Die ChIP-Seq (von engl. Chromatin ImmunoPrecipitation DNA-Sequencing) ist eine biochemische Methode zur Bestimmung von Protein-DNA-Interaktionen.

29 Beziehungen: Antikörper, Biochemie, ChIP-on-Chip, Chromatin-Immunpräzipitation, DNA-Sequenzierung, Empfindlichkeit, Enhancer (Genetik), Escherichia-Virus Lambda, Exonuklease, Formaldehyd, Genexpression, Hochdurchsatz-Screening, Howard Y. Chang, Hybridisierung (Molekularbiologie), Immunpräzipitation, In vivo, Isolator (Genetik), Microarray, Promotor (Genetik), Protection Assay, Protein-DNA-Interaktion, Protein-Tag, Rekombinantes Protein, Replikation, Repressor, Ribonukleinsäure, Silencer, Transkriptionsfaktor, Vernetzung (Chemie).

Antikörper

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Biochemie

Die Biochemie (zu griechisch βίος bíos ‚Leben‘, und zu „Chemie“) oder biologische Chemie, früher auch physiologische Chemie genannt, ist die Lehre von chemischen Vorgängen in Lebewesen, dem Stoffwechsel.

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ChIP-on-Chip

Ein ChIP-on-Chip oder ChIP-Chip (von engl. Chromatin-Immunoprecipitation Chip) ist eine biochemische Methode zur Bestimmung von Protein-DNA-Interaktionen.

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Chromatin-Immunpräzipitation

Die Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) ist eine experimentelle Methode zur Bestimmung von Protein-DNA-Interaktionen.

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DNA-Sequenzierung

DNA-Sequenzierung ist die Bestimmung der Nukleotid-Abfolge in einem DNA-Molekül.

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Empfindlichkeit

Empfindlichkeit, Empfindungsfähigkeit, Sensitivität oder Sensibilität steht für.

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Enhancer (Genetik)

Enhancer (engl. enhance "verstärken", dt. selten auch Transkriptionsverstärker genannt) sind Abschnitte mit für jeden Enhancer charakteristischer Basenabfolge in der eukaryotischen DNA, die wie auch die Silencer, zu den cis-Elementen gehören.

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Escherichia-Virus Lambda

EM-Aufnahme einesVirions des ''λ-Phagen'' Das Escherichia-Virus Lambda (wissenschaftlich Lambdavirus lambda, mit Referenzstamm Escherichia-Phage lambda alias Lambda-Phage, Bakteriophage Lambda, Enterobacteria-Phage Lambda oder Phage λ) ist ein Virus aus der Klasse Caudoviricetes, das das Bakterium Escherichia coli zum Wirt hat; und wird daher als Bakteriophage klassifiziert.

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Exonuklease

Als Exonuklease wird eine Nuklease bezeichnet, die von ihrem Substrat (der Nukleinsäure – DNA und/oder RNA) pro Reaktionszyklus jeweils ein Nukleinsäuremonomer vom Ende des Moleküls her abspaltet.

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Formaldehyd

Formaldehyd (IPA:,, auch,; systematischer Name Methanal) ist eine organisch-chemische Verbindung mit der Summenformel CH2O und der einfachste Vertreter aus der Stoffgruppe der Aldehyde.

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Genexpression

Genexpression, kurz Expression oder Exprimierung (von lateinisch exprimere „ausdrücken“), bezeichnet im weiten Sinn, wie ein Gen (eine bestimmte genetische Information) zum Ausdruck kommt und in Erscheinung tritt.

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Hochdurchsatz-Screening

High-Throughput-Screening-Roboter Pipettierautomat Tecan Genesis bei der Probenvorbereitung High-Throughput-Screening (HTS), auch Hochdurchsatz-Screening genannt, ist eine vor allem in der Pharmaforschung angewendete, automatisierte Methode, bei der im Hochdurchsatz an Zehntausenden bis Millionen von Substanzen biochemische, genetische oder pharmakologische Tests durchgeführt werden.

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Howard Y. Chang

Howard Yuan-Hao Chang (* 11. Januar 1972) ist ein taiwanisch-US-amerikanischer Dermatologe und Molekularbiologe an der Stanford University.

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Hybridisierung (Molekularbiologie)

Die Hybridisierung (lat. hybrida: Mischling, Bastard; engl. hybridisation) bezeichnet einen für molekulargenetische Techniken bedeutsamen Vorgang, bei dem sich an einem Einzelstrang einer DNA (z. B. Southern Blot) oder einer RNA (z. B. Northern Blot) ein mehr oder weniger vollständig komplementärer DNA- bzw.

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Immunpräzipitation

Eine Immunpräzipitation (IP) ist eine biochemische Methode, bei der in einem Pulldown-Assay mittels eines Antikörpers ein Antigen aus einer Lösung konzentriert wird.

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In vivo

Als in vivo (für ‚im Lebendigen‘) bezeichnet man in der Wissenschaft Prozesse, die im lebendigen Organismus ablaufen.

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Isolator (Genetik)

Als Isolatoren oder Isolatorelemente (engl. insulators oder auch boundary elements, Grenzelemente) werden in der Genetik von Eukaryoten DNA-Sequenzen bezeichnet, die Bereiche der Genexpression definieren, indem sie verschiedene genetische Kontrollelemente wie Enhancer und Promotor voneinander abgrenzen und damit isolieren.

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Microarray

Microarray ist eine Sammelbezeichnung für moderne molekularbiologische Untersuchungssysteme, die die parallele Analyse von mehreren tausend Einzelnachweisen in einer geringen Menge biologischen Probenmaterials erlauben.

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Promotor (Genetik)

Als Promotor, auch Promoter (ursprünglich franz. promoteur, Anstifter, Initiator), wird in der Genetik eine Nukleotid-Sequenz auf der DNA bezeichnet, die die regulierte Expression eines Gens ermöglicht.

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Protection Assay

Ein Protection Assay (zu deutsch Schutzversuch) bezeichnet eine biochemische Methode zur Bestimmung geschützter und somit für Enzyme, Chemikalien oder Markierungen unzugänglicher Molekülstrukturen.

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Protein-DNA-Interaktion

Der Lambda-Repressor an die DNA-Sequenz des Lambda-Operators gebunden. Eine Protein-DNA-Interaktion bezeichnet eine Bindung von einem Protein an DNA.

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Protein-Tag

Als Protein-Tag, Affinitäts-Tag oder Epitop-Tag (engl. tag für ‚Markierung‘, ‚Schildchen‘ oder ‚Etikett‘) werden in der Biochemie verschiedene, meist kurze Aminosäuresequenzen bezeichnet, mit deren Hilfe Proteine markiert werden können.

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Rekombinantes Protein

Rekombinante Proteine sind biotechnologisch hergestellte Proteine, die mit Hilfe von gentechnisch veränderten Organismen oder mit transient transfizierten Zellkulturen erzeugt wurden.

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Replikation

Schema der DNA-Replikation. Ausgehend vom Replikationsursprung werden die neuen – zu den Muttersträngen antiparallel verlaufenden – Tochterstränge synthetisiert. ''Die DNA-Basen sind im Bereich der Topoisomerase bzw. Helikase im Sinne der Übersichtlichkeit nicht vollständig dargestellt.'' Replikation oder Reduplikation bezeichnet in der Biologie die Vervielfältigung der Nukleinsäuremoleküle als Träger der Erbinformation einer Zelle oder eines Virus.

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Repressor

Als Repressor bezeichnet man in der Genetik ein Protein, welches sich an den Operator in der DNA bindet und damit die Bindung der RNA-Polymerase an den Promotor blockiert.

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Ribonukleinsäure

Verknüpfung der Nukleinbasen (C, G, A und U) über ein Zucker- (grau) und Phosphatrückgrat (türkis) zur RNA Ribonukleinsäure (Ribo|nukle-in|säure, kurz RNS; englisch RNA für ribonucleic acid; lateinisch-französisch-griechisches Kunstwort) ist eine Nukleinsäure, die sich als Polynukleotid aus einer Kette von vielen Nukleotiden zusammensetzt.

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Silencer

Silencer bezeichnen in der Biologie Abschnitte in der Erbinformation, die sich auf der DNA im sogenannten Promotor vor oder nach dem eigentlichen Gen befinden, das das dazugehörende Protein codiert.

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Transkriptionsfaktor

Rattus norvegicus'' mit passendem DNA-Fragment Ein Transkriptionsfaktor ist in der Molekularbiologie ein Protein, das für die Initiation der RNA-Polymerase bei der Transkription von Bedeutung ist.

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Vernetzung (Chemie)

Polymere vor und nach einer Vernetzung Vernetzung bezeichnet in der makromolekularen Chemie Reaktionen, bei denen eine Vielzahl einzelner Makromoleküle zu einem dreidimensionalen Netzwerk verknüpft wird.

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Leitet hier um:

ChIP-Exo, DNAse-Seq, FAIRE-Seq.

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