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BLOSUM

Index BLOSUM

Die BLOSUM62-Matrix BLOSUM (BLOcks SUbstitution Matrix; auch BlOSSUM) ist eine evidenzbasierte Substitutionsmatrix, die für Sequenzalignment von Proteinen benutzt wird und spielt neben der Point Accepted Mutation Matrix (PAM-Matrix) eine wichtige Rolle in der Bioinformatik.

18 Beziehungen: Akronym, Bioinformatik, BLAST-Algorithmus, Exponentialfunktion, FASTA-Algorithmus, Homologie (Biologie), Java (Programmiersprache), Needleman-Wunsch-Algorithmus, Point Accepted Mutation Matrix, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Protein, Python (Programmiersprache), Sequenzalignment, Smith-Waterman-Algorithmus, Substitutionsmatrix, Tryptophan, Tyrosin, Vern Blosum.

Akronym

Ein Akronym (von sowie ónoma, dorisch und äolisch de) ist ein Sonderfall der Abkürzung.

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Bioinformatik

Oberflächenprotein eines Influenza-Virus (Modell) Die Bioinformatik ist eine interdisziplinäre Wissenschaft, die Probleme aus den Lebenswissenschaften mit theoretischen computergestützten Methoden löst.

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BLAST-Algorithmus

Foto 1: Schematischer Ablauf einer BLAST-Abfrage. BLAST (Abkürzung für) ist der Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am meisten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten.

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Exponentialfunktion

In der Mathematik bezeichnet man als Exponentialfunktion eine Funktion der Form x \mapsto a^x mit einer reellen Zahl a > 0\text a \neq 1 als Basis (Grundzahl).

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FASTA-Algorithmus

Der heuristische FASTA-Algorithmus wurde 1985 von David J. Lipman und William R. Pearson als FASTP für Proteine entwickelt.

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Homologie (Biologie)

Homologie der Vorderextremitäten bei Wirbeltieren Gegenbaur 1870'''I''' Mensch '''II''' Hund '''III''' Schwein '''IV''' Kuh '''V''' Tapir '''VI''' Pferd thumbtime.

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Java (Programmiersprache)

Java ist eine objektorientierte Programmiersprache und eine eingetragene Marke des Unternehmens Sun Microsystems, welches 2010 von Oracle aufgekauft wurde.

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Needleman-Wunsch-Algorithmus

Der Needleman-Wunsch-Algorithmus ist ein Optimierungsalgorithmus aus der Bioinformatik.

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Point Accepted Mutation Matrix

Eine Point Accepted Mutation Matrix (kurz: PAM-Matrix) ist eine mit PAM-Werten gefüllte Substitutionsmatrix, die in der Bioinformatik dazu verwendet wird, die Wahrscheinlichkeit der Veränderung einer Aminosäuresequenz zu bestimmen.

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Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, kurz Proc.

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Protein

O2 anlagern kann. Ein Protein, umgangssprachlich Eiweiß (veraltet Eiweißstoff) genannt, ist ein biologisches Makromolekül, das aus Aminosäuren aufgebaut wird, die durch Peptidbindungen verknüpft sind.

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Python (Programmiersprache)

Python (auf Deutsch auch) ist eine universelle, üblicherweise interpretierte, höhere Programmiersprache.

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Sequenzalignment

Sequenzalignment (von lateinisch sequentia, „Aufeinanderfolge“ und englisch alignment, „Abgleich, Anordnung, Ausrichtung“) bezeichnet den methodischen Vergleich zweier oder mehrerer Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen in linearer Abfolge.

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Smith-Waterman-Algorithmus

Der Smith-Waterman-Algorithmus ist ein Algorithmus, der den optimalen lokalen Alignment-Score (similarity score) bzw.

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Substitutionsmatrix

In der Bioinformatik beschreiben die Einträge in einer Substitutionsmatrix eine relative Rate, mit welcher im Laufe der Evolution eine Aminosäure in eine andere mutiert (für den Fall einer Protein-Matrix).

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Tryptophan

Tryptophan, abgekürzt Trp oder W, ist in der L-Form (siehe Fischer-Projektion) eine proteinogene α-Aminosäure mit einem aromatischen Indol-Ringsystem.

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Tyrosin

Tyrosin (abgekürzt Tyr oder Y) ist in seiner natürlichen L-Form eine nichtessentielle proteinogene α-Aminosäure, die in den meisten Proteinen vorkommt.

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Vern Blosum

Vern Blosum (* 1936; † 2017) war der Künstlername eines amerikanischen Pop-Art-Künstlers unbekannter Identität.

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Leitet hier um:

BLOSSUM, Blocks Substitution Matrix, Blosum.

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