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Bioinformatik

Index Bioinformatik

Oberflächenprotein eines Influenza-Virus (Modell) Die Bioinformatik ist eine interdisziplinäre Wissenschaft, die Probleme aus den Lebenswissenschaften mit theoretischen computergestützten Methoden löst.

58 Beziehungen: Algorithmus, Aminosäuren, Annotation, Biowissenschaften, BLAST-Algorithmus, BRENDA, Datenbankindex, DNA-Sequenzanalyse, DNA-Sequenzierung, Dynamische Programmierung, Entrez Gene, European Bioinformatics Institute, European Nucleotide Archive, Fachkraft für Bioinformatik, FASTA-Algorithmus, Forschung, GenBank, Genom, Genvorhersage, Grundlagenforschung, Heuristik, Homologie (Genetik), Humangenomprojekt, Internationale Nukleotidsequenz-Datenbank-Zusammenarbeit, Künstliches neuronales Netz, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Ligand (Biochemie), Markow-Kette, Medizin, Medizinische Datenbank, Metagenomik, Microarray, Mustererkennung, Needleman-Wunsch-Algorithmus, Nukleotidsequenz, Ontologie (Informatik), Pfam, Pharmazie, Phylogenetischer Baum, PROSITE, Protein Data Bank, Protein Information Resource, Proteinfaltung, Proteinstruktur, Proteomik, Restriktionsenzym, Sekundärstruktur, Sequenzalignment, Sequenzmuster, Smith-Waterman-Algorithmus, ..., String-Matching-Algorithmus, Synonym, Systembiologie, Tertiärstruktur, TRANSFAC, UniProt, Vermutetes Gen, Wissenschaft. Erweitern Sie Index (8 mehr) »

Algorithmus

sowjetischen Briefmarke anlässlich seines 1200-jährigen Geburtsjubiläums Ein Algorithmus (benannt nach al-Chwarizmi, von arabisch: Choresmier) ist eine eindeutige Handlungsvorschrift zur Lösung eines Problems oder einer Klasse von Problemen.

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Aminosäuren

H-Atom) Aminosäuren (AS), unüblich aber genauer auch Aminocarbonsäuren, veraltet Amidosäuren genannt, sind chemische Verbindungen mit einer Stickstoff (N) enthaltenden Aminogruppe und einer Kohlenstoff (C) und Sauerstoff (O) enthaltenden Carbonsäuregruppe.

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Annotation

Annotation bedeutet „Anmerkung“, „Beifügung“, „Hinzufügung“.

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Biowissenschaften

Biowissenschaften, Lebenswissenschaften oder Life Sciences sind Forschungsrichtungen und Ausbildungsgänge, die sich mit Prozessen oder Strukturen von Lebewesen beschäftigen oder an denen Lebewesen beteiligt sind.

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BLAST-Algorithmus

Foto 1: Schematischer Ablauf einer BLAST-Abfrage. BLAST (Abkürzung für) ist der Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am meisten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten.

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BRENDA

BRENDA (BRaunschweig ENzyme DAtabase) zählt zu den weltweit umfassendsten und wichtigsten Online-Biochemie-Datenbanken für biochemische und molekularbiologische Daten über Enzyme und Stoffwechselwege.

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Datenbankindex

Ein Datenbankindex, oder kurz Index (im Plural „Indexe“ oder „Indizes“), ist eine von der Datenstruktur getrennte Indexstruktur in einer Datenbank, die die Suche und das Sortieren nach bestimmten Feldern beschleunigt.

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DNA-Sequenzanalyse

Eine DNA-Sequenzanalyse ist in der Molekularbiologie und Bioinformatik die automatisierte, computergestützte Bestimmung von charakteristischen Abschnitten, insbesondere von bekannten Genen und vermuteten Genen, auf einer DNA-Sequenz.

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DNA-Sequenzierung

DNA-Sequenzierung ist die Bestimmung der Nukleotid-Abfolge in einem DNA-Molekül.

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Dynamische Programmierung

Dynamische Programmierung ist eine Methode zum algorithmischen Lösen eines Optimierungsproblems durch Aufteilung in Teilprobleme und systematische Speicherung von Zwischenresultaten.

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Entrez Gene

Entrez Gene ist eine vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) betriebene Metasuchmaschine, die den gleichzeitigen Zugriff auf mehrere Biochemie-Datenbanken und damit weitgefächerte Suchen ermöglicht.

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European Bioinformatics Institute

European Bioinformatics Institute, Hinxton, Cambridge, UK Das European Bioinformatics Institute (EBI; deutsch: Europäisches Institut für Bioinformatik) ist Teil des Europäischen Laboratoriums für Molekularbiologie (EMBL) und ein Zentrum für Forschung und Dienstleistungen auf dem Gebiet der Bioinformatik.

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European Nucleotide Archive

Das European Nucleotide Archive (Europäisches Nukleotid-Archiv; ENA) ist eine der drei in der Internationalen Nukleotidsequenz-Datenbank-Zusammenarbeit (INSDC) zusammengeschlossenen Genbibliotheken.

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Fachkraft für Bioinformatik

Fachkraft für Bioinformatik ist der TÜV-zertifizierte Abschluss einer Fortbildung für Laborkräfte.

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FASTA-Algorithmus

Der heuristische FASTA-Algorithmus wurde 1985 von David J. Lipman und William R. Pearson als FASTP für Proteine entwickelt.

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Forschung

Exemplarische Forschungssituation Unter Forschung versteht man, im Gegensatz zum zufälligen Entdecken, die systematische Suche nach neuen Erkenntnissen sowie deren Dokumentation und Veröffentlichung.

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GenBank

GenBank ist eine der drei im INSDC zusammengeschlossenen DNA-Sequenzdatenbanken und wird vom US-amerikanischen National Center for Biotechnology Information betrieben.

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Genom

Der Chromosomensatz eines Mannes als Karyogramm dargestellt Schematisches Karyogramm Das Genom, auch Erbgut (oder Erbmasse) eines Lebewesens oder eines Virus, ist die Gesamtheit der materiellen Träger der vererbbaren Informationen einer Zelle oder eines Viruspartikels: Chromosomen, Desoxyribonukleinsäure (DNS.

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Genvorhersage

Unter Genvorhersage oder Annotation versteht man das A-priori-Auffinden von Genen innerhalb einer Nukleotidsequenz anhand von typischen Mustern wie beispielsweise Promotor, Start und Stopsignale von Introns.

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Grundlagenforschung

Die Grundlagenforschung (fundamental research, pure research oder blue skies research) im engeren Sinne ist die wissenschaftliche Aufstellung, Nachprüfung und Diskussion der Prinzipien einer Wissenschaft, etwa in den Naturwissenschaften, in der Medizin und der Mathematik.

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Heuristik

Heuristik (von altgriechisch εὑρίσκω heurísko (ich finde) bzw. εὑρίσκειν heurískein (auffinden, entdecken)) bezeichnet Methoden, die mit begrenztem Wissen (unvollständigen Informationen) und wenig Zeit dennoch zu wahrscheinlichen Aussagen oder praktikablen Lösungen kommen.

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Homologie (Genetik)

Zwei Gene (oder Proteine) sind zueinander homolog, wenn sie von einem gemeinsamen Vorläufer abstammen.

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Humangenomprojekt

Logo des Humangenomprojektes Das Humangenomprojekt (HGP) war ein internationales Forschungsprojekt von 1990 bis 2003.

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Internationale Nukleotidsequenz-Datenbank-Zusammenarbeit

Die Internationale Nukleotidsequenz-Datenbank-Zusammenarbeit, engl.

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Künstliches neuronales Netz

Künstliche neuronale Netze, auch künstliche neuronale Netzwerke, kurz: KNN (englisch artificial neural network, ANN), sind Netze aus künstlichen Neuronen.

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Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

Die KEGG oder ausgeschrieben Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ist eine frei zugängliche Datenbank mit strukturierten Informationen über Strukturen von Biomolekülen, Medikamenten, Reaktionsgleichungen, Stoffwechselwegen, Genen, der funktionalen Hierarchie biologischer Systeme in verschiedenen Organismen.

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Ligand (Biochemie)

Als Ligand wird in der Biochemie und in verwandten Wissenschaften ein Stoff bezeichnet, der an ein Zielprotein, beispielsweise einen Rezeptor, spezifisch binden kann.

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Markow-Kette

Markow-Kette mit drei Zuständen und unvollständigen Verbindungen Eine Markow-Kette (auch Markow-Prozess, nach Andrei Andrejewitsch Markow; andere Schreibweisen Markov-Kette, Markoff-Kette, Markof-Kette) ist ein stochastischer Prozess.

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Medizin

Asklepiosstab mit seiner gewundenen Schlange hält Die Medizin (von lateinisch medicina) ist die Wissenschaft der Vorbeugung, Erkennung und Behandlung von Krankheiten oder Verletzungen bei Menschen und Tieren.

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Medizinische Datenbank

Medizinisches Wissen ist heute in etwa 1000 Fachdatenbanken abgelegt.

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Metagenomik

Metagenomik ist ein Forschungsgebiet der Biowissenschaften, bei dem genetisches Material direkt aus Umweltproben extrahiert, sequenziert und analysiert wird.

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Microarray

Microarray ist eine Sammelbezeichnung für moderne molekularbiologische Untersuchungssysteme, die die parallele Analyse von mehreren tausend Einzelnachweisen in einer geringen Menge biologischen Probenmaterials erlauben.

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Mustererkennung

Mustererkennung (Pattern Recognition) ist die Fähigkeit, in einer Menge von Daten Regelmäßigkeiten, Wiederholungen, Ähnlichkeiten oder Gesetzmäßigkeiten zu erkennen.

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Needleman-Wunsch-Algorithmus

Der Needleman-Wunsch-Algorithmus ist ein Optimierungsalgorithmus aus der Bioinformatik.

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Nukleotidsequenz

Ausschnitt aus dem Chromatogramm einer automatischen DNA-Sequenzierung. Die Nukleotidsequenz ist die Abfolge der Nukleotide einer Nukleinsäure, üblicherweise Desoxyribonukleinsäure (DNS, DNA) oder Ribonukleinsäure (RNS, englisch RNA).

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Ontologie (Informatik)

Ontologien im Datenmanagement sind meist sprachlich gefasste und formal geordnete Darstellungen einer Menge von Begriffen und der zwischen ihnen bestehenden Beziehungen in einem bestimmten Gegenstandsbereich (in Anlehnung an den klassischen Begriff der Ontologie).

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Pfam

Pfam (Protein Families) ist eine frei zugängliche Datenbank für bioinformatische Zwecke.

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Pharmazie

Ein Apothekermörser, universelles Logo der Pharmazeutischen Wissenschaften Apotheke im 14. Jahrhundert Pharmazie (von, ‚Medikament‘, ‚Gift‘, ‚Zaubermittel‘, zurückgehend auf die Wurzel de, ‚Blendwerk‘) oder Pharmazeutik (von altgriechisch de), deutsch auch Arzneikunde, ist eine interdisziplinäre Wissenschaft, die sich mit der Beschaffenheit, Wirkung, Entwicklung, Prüfung, Herstellung und Abgabe von Arzneimitteln befasst.

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Phylogenetischer Baum

Phylogenetischer Baum basierend auf rRNA Genen Ein phylogenetischer Baum ist ein Baum, der die evolutionären Beziehungen zwischen verschiedenen Arten oder anderen Einheiten darstellt, von denen man vermutet, dass sie einen gemeinsamen Vorfahren besitzen.

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PROSITE

PROSITE ist eine Datenbank für Protein-Familien und Domänen, die 1988 von Amos Bairoch erstellt wurde.

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Protein Data Bank

Logo Beispiele von Proteinstrukturen aus der PDB Die Protein Data Bank (PDB) ist eine Open Access Datenbank für 3D-Strukturdaten von großen biologischen Molekülen.

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Protein Information Resource

Die Protein Information Resource (PIR) ist eine Datenquelle für Sequenzen und Funktionen von Proteinen am Georgetown University Medical Center (GUMC).

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Proteinfaltung

500px Die Proteinfaltung ist der Prozess, durch den Proteine ihre dreidimensionale Struktur erhalten.

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Proteinstruktur

Die Proteinstruktur ist in der Biochemie in verschiedene Strukturebenen gegliedert.

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Proteomik

Struktur des Hämoglobins Proteomik bezeichnet die Erforschung des Proteoms.

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Restriktionsenzym

Restriktionsenzyme, genauer auch Restriktionsendonukleasen (REN), sind Enzyme, die DNA an bestimmten Positionen erkennen und schneiden können.

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Sekundärstruktur

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Sequenzalignment

Sequenzalignment (von lateinisch sequentia, „Aufeinanderfolge“ und englisch alignment, „Abgleich, Anordnung, Ausrichtung“) bezeichnet den methodischen Vergleich zweier oder mehrerer Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen in linearer Abfolge.

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Sequenzmuster

Ein Sequenzmuster ist die gleichförmige Abfolge von Elementen in Transaktionen.

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Smith-Waterman-Algorithmus

Der Smith-Waterman-Algorithmus ist ein Algorithmus, der den optimalen lokalen Alignment-Score (similarity score) bzw.

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String-Matching-Algorithmus

In der Informatik sind String-Matching-Algorithmen eine Gruppe von Algorithmen, die das Finden von Textsegmenten in einer Zeichenkette anhand eines vorgegebenen Suchmusters beschreiben.

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Synonym

Synonyme oder Synonyma (von ‚von gleichem Namen‘ zu syn ‚gemeinsam‘ und onoma ‚Name, Begriff‘) sind sprachliche Ausdrücke oder Zeichen, die zueinander in der Beziehung der Synonymie stehen – einer der grundlegenden Typen von Bedeutungsbeziehungen bzw.

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Systembiologie

Systembiologische Vorgehensweise. Die Systembiologie (Synonym: Systeomik,, integrative biology oder predictive biology)Stefan Schuster, Roland Eils, Klaus Prank: 5th International Conference on Systems Biology (ICSB 2004), Heidelberg, October 9–13, 2004. In: Biosystems. Volume 83, Nr.

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Tertiärstruktur

Darstellung der Strukturebenen der Proteinfaltung mit Fokus auf die Tertiärstruktur anhand des Proteins 1EFN Unter Tertiärstruktur versteht man in der Biochemie den übergeordneten räumlichen Aufbau von Proteinen, Nukleinsäuren oder anderen Makromolekülen, die aus einer Einzelnen oder mehreren Ketten bestehen.

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TRANSFAC

TRANSFAC (TRANScription FACtor database) ist eine manuell kuratierte Datenbank über eukaryote Transkriptionsfaktoren, deren genomische Bindungsstellen und DNA-Bindungsprofile.

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UniProt

UniProt (universal protein database) ist die größte bioinformatische Datenbank für Proteine aller Lebewesen und Viren, und enthält Informationen über die Proteinfunktion und -struktur sowie Links zu anderen themenrelevanten Datenbanken.

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Vermutetes Gen

Ein vermutetes Gen (synonym putatives Gen) ist eine DNA-Sequenz, die aufgrund eines identifizierten offenen Leserasters als Gen vermutet wird, dessen codiertes Protein und seine Funktion nicht zugeordnet ist.

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Wissenschaft

Das Wort Wissenschaft (.

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Leitet hier um:

Bioinformatiker, Biomedizinische Informatik.

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